GEPIA是目前我國在利用TCGA數據做可視化分析上,比較著名的一款在線工具。GEPIA是一個網絡服務器,使用標準處理管道分析來自TCGA和GTEx項目的9,736個腫瘤和8,587個正常樣品的RNA測序表達數據。因其簡潔有效具有良好的操作性,不少生信分析科研文章的文章里figure都來自GEPIA。
現在我們以“LAYN基因與乳腺癌生存率的相關性分析”為例,來演示Prognoscan的使用方法:
1.首先打開GEPIA地址(http://gepia.cancer-pku.cn/),選擇“Multiple Gene Analysis”→“Correlation Analysis”
2.填寫X軸和Y軸基因(這里我們都寫成LAYN基因,作為演示)→“Correlation Coefficient”選擇“Spearman”→把TCGA的Tumor和Normal中的癌癥類型依次add到右邊的“Used Expression Datasets”中
3.點擊“Plot”成圖
今天的分享就到這里啦,希望能幫到苦心科研的你,我們下次再見!