基因調控網絡對于理解基因表達調控和表達異質性的機制至關重要。GRNdb是一個基于大規模 RNA-seq 數據以及已知的 TF- 各種人和小鼠條件的目標關系構建的、可免費訪問且用戶友好的數據庫,用于方便地探索和可視化由轉錄因子(TF)和下游靶基因(稱為調節子)形成的預測調控網絡。需要注意的是,該數據庫的所有預測結果只是基于高通量測序而非實驗驗證。
GRNdb:http://www.grndb.com/
l Search
“Exact Search”可選擇物種分為人、小鼠兩種。用戶可以基于“Single-cell”選擇不同組織類型,或者基于“Bulk”選擇TCGA或GTEx的數據集;然后根據用戶要求按照轉錄因子或調節子的Symbol/Entrez ID/Ensembl進行搜索。結果如下:
圖片結果均可進行下載;數據結果可以點擊下方“Download”下載csv格式文件。
“Comparison”可以對2種不同來源數據的調控關系進行比較。結果如下:
l Expression
輸入感興趣的基因,可以查詢到在特定數據集中基因的表達情況:
l Survival
選擇疾病類型后,輸入感興趣的基因,可以獲得該疾病中基因的生存曲線: