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eccDNAdb:染色體外環狀DNA數據庫

欄目:最新研究動態 發布時間:2023-04-03
通過整合基因表達、臨床信息和染色質可訪問性數據,eccDNAdb使用戶能夠輕松確定eccDNA在人類癌癥中的生物學功能和臨床相關性......


染色體外環狀DNA(Extrachromosomal circular DNA,eccDNA)是源自但獨立于染色體DNA的環狀DNA分子,在癌癥中的普遍存在,并且在癌基因擴增和腫瘤進展中起關鍵作用。通過全基因組測序(WGS)可以鑒定eccDNA(本公司提供WGS測序服務)。eccDNAdb使用TCGA和CCLE下載的基因表達和臨床數據研究eccDNA在癌癥中的作用。eccDNAdb目前包括1270個eccDNA,在分析了包括患者組織、患者來源的異種移植物和癌細胞系在內的總共3395個腫瘤樣本(57種癌癥)后,在480個樣本(42種癌癥)中鑒定了這些eccDNA。共有54901個eccDNA基因被注釋并包含在數據庫中。通過整合基因表達、臨床信息和染色質可訪問性數據,eccDNAdb使用戶能夠輕松確定eccDNA在人類癌癥中的生物學功能和臨床相關性。http://www.eccdnadb.org/



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