纖維化是一種常見且嚴重的疾病,在許多器官中作為一種復雜的損傷存在,并引發一系列復雜的反應。核糖核酸(RNA)的失調在多種器官纖維化病例中起著重要作用。然而,對于纖維化疾病,仍然缺乏一個集成的平臺。FDRdb是一個纖維化疾病相關RNA組信息和高通量數據集數據庫:(i)包含8個物種中912個RNA與92種纖維化疾病之間的1947種關聯;(ii)收集764個纖維化疾病數據集的信息;(iii)提供用戶友好的網絡界面,允許用戶瀏覽、搜索和下載有關纖維化疾病和高通量數據集的RNAome信息;(iv)提供分析纖維化疾病表達譜的工具,包括差異表達分析和途徑富集。
FDhttp://www.medsysbio.org/FDRdb
l Browse
瀏覽頁面為用戶提供了兩個選項:通過RNA或數據集進行瀏覽。
1. 在RNA瀏覽頁面上,包含5種類型的RNA(miRNA、lncRNA、mRNA、circRNA和siRNA)、物種、疾病和組織。
以lncRNA為例:選擇“lncRNA”后,點擊感興趣的lncRNA名稱,可以在頁面右側瀏覽lncRNA相關的纖維化疾?。?/span>
點擊“details”跳轉至詳情頁,可以查看該lncRNA在疾病中的表達情況、檢測方式等詳細信息:
2. 在數據集瀏覽頁面上,“包含4個類別:數據類型、物種、疾病和組織。
以甲基化數據集為例:選擇“Data Type”后,點擊“methylation”,可以在頁面右側瀏覽相關數據集信息:
點擊“details”跳轉至詳情頁,可以查看該數據集樣本數量等信息,并進行下載:
l Search
給頁面可以根據RNA名稱/疾病名稱進行搜索:
以疾病“idiopathic pulmonary fibrosis”為例:
輸入疾病名稱后,選擇物種(人、小鼠等)和組織(血液、肺組織等),點擊“Search”進行搜索:
結果頁面將展示與該疾病相關的基因、該基因在肺組織中的表達情況:
點擊“detail”可以查看完整信息:
l Analysis
在該模塊,用戶可以上傳自己的數據進行分析,獲得差異表達和通路富集結果。文件格式如下:
“expression profile”
“sample class profile”
上傳以上2個文件,選擇物種,點擊“Apply”進行分析:
分析結果包括結果摘要、差異基因聚類熱圖、火山圖及KEGG、GO結果圖。