芯片差異microRNA靶基因分析
分析方案一
1．通過搜索TargetScan,Mirbase, Miranda三大數(shù)據(jù)庫(kù)得到差異microRNA調(diào)控的所有靶基因。
2．通過對(duì)上調(diào)或下調(diào)microRNA對(duì)應(yīng)的靶基因進(jìn)行GO顯著性功能分析，得到具有顯著性、低誤判率、靶向性的GO功能集以及對(duì)應(yīng)的靶基因。

3．通過對(duì)上調(diào)或下調(diào)microRNA對(duì)應(yīng)的靶基因進(jìn)行KEGG Pathway顯著性分析，得到具有顯著性、低誤判率、靶向性的KEGG Pathway以及對(duì)應(yīng)的靶基因。

4．通過對(duì)靶基因的顯著性GO功能集分析和顯著性Pathway分析，將GO和Pathway所包含的靶基因取交集。
5．根據(jù)第4步得到的靶基因構(gòu)建差異microRNA與靶基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，得到網(wǎng)絡(luò)中起核心調(diào)控作用的microRNA和被microRNA調(diào)控的關(guān)鍵靶基因。

分析方案二
1．通過TargetScan, Mirbase, Miranda預(yù)測(cè)單個(gè)microRNA靶基因。
2．三個(gè)軟件預(yù)測(cè)的前200個(gè)靶基因，兩兩之間取交集選取共同靶基因。
3．每個(gè)軟件前50個(gè)靶基因與另外兩個(gè)軟件預(yù)測(cè)的所有靶基因相比，選取共同靶基因。
4．三個(gè)軟件預(yù)測(cè)的前10個(gè)靶基因，如不在基因列表之內(nèi)的，則加入列表中。
5．根據(jù)第4步得到的靶基因進(jìn)行顯著性GO功能集分析和顯著性Pathway分析,將GO和Pathway所包含的靶基因取交集。
6．所得靶基因根據(jù)三個(gè)軟件總得分排序(各自得分做標(biāo)準(zhǔn)化相加)。
7．根據(jù)第5步得到的靶基因構(gòu)建差異microRNA與靶基因的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)，得到網(wǎng)絡(luò)中起核心調(diào)控作用的microRNA和被microRNA調(diào)控的關(guān)鍵靶基因。